L'aspect "périnatal" m'apparaît important puisqu'il peut toucher à la fois la mère (ex.: infection à la suite d'une césarienne ou autre) et l'enfant. Les "maternal and perinatal outcomes" (résultats) à la suite d'une antibiothérapie prophylactique m'apparaissent résider dans l'apparition ou non de l'infection visée, dont, d'un état morbide (un état maladif). J'oserais donc:

"...pour déterminer les effets d'antibiotiques prophylactiques durant les second et troisième trimestres de la grossesse sur la morbidité maternelle et périnatale."

autre option plus neutre

une issue peut être favorable ou défavorable, mais le terme seul ne présume pas de l'un ou l'autre

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